Le premier voyage égyptien d'avril 1909 est une révélation : il retourne en Égypte dès l’automne suivant, accompagné de sa femme, Lucile, et de sa belle-sœur, Geneviève Gallé. Ils refont ensemble les excursions qui avaient permis à Paul Perdrizet de découvrir la basse Égypte lors du congrès. Ces deux premiers voyages sont suvis de beaucoup d’autres, en 1912, puis après la guerre, 1928, 1933, 1934 et enfin 1936. Ils ouvrent à l'esprit toujours curieux de Paul Perdrizet un nouveau champ de recherche, celui des transformations de l'hellénisme en Égypte. Il y retrouve deux camarades athéniens qui ont compté parmi ses amis les plus proches, Pierre Jouguet et Gustave Lefebvre. C'est avec ce dernier qu'il entreprend l'étude des Graffites grecs du Memnonion d'Abydos, le temple funéraire de Séti Ier, visité une première fois dès avril 1909, en marge du congrès du Caire.

Contrairement à la Grèce puis à la Syrie, l’Égypte n’est toutefois pas pour Paul Perdrizet une terre d’exploration archéologique : bien qu’il ne manque pas de profiter de chacun de ses séjours pour y visiter les sites les plus connus et les chantiers de ses collègues, il n’y mène ni prospection ni fouilles. Son travail se fait dans les collections privées et surtout dans les musées, le Musée gréco-romain d’Alexandrie, où il se lie d’amitié avec le directeur, l’égyptologue Evaristo Breccia, et le musée égyptien du Caire, où Gaston Maspéro l’accueille aussi avec bienveillance. Il en étudie les collections pour y repérer les pièces obscures, selon lui incomprises, qui lui donnent l’occasion de découvertes comme celle d’un type inédit de la plastique grecque, Alexandre à l'égide (1913).